并行效率疑问

[random_ran]

@CFDngu

你好,CFDngu:

你这个问题我没有遇到过，decompose的时候没有遇到过报错的问题。可能是我的几何体比较简单的原因？

建议你把：

decomposeParDict 内容
$ checkMesh 结果
O.F. 版本

贴出来，或许有碰到过类似问题的朋友能帮助到你。

[CFDngu]

@random_ran 多谢建议，不过确实都没有任何问题。。。

等过一段我贴上来：）

[CFDngu]

@xpqiu renumber的功能是什么呢？我试着用了一下，发现结果完全不对啊。。。
不renumber的结果就对了

[qjh888]

好贴子，马住。另外推荐一个连接：
http://nscc-gz.cn/newsdetail.html?6151

[xpqiu]

@CFDngu renumberMesh 的作用是减小矩阵的 bandwidth，让非零元素更集中到主对角附近。
https://en.wikipedia.org/wiki/Cuthill–McKee_algorithm

[CFDngu]

@xpqiu 可是我的算例为什么renumber之后就结果就不对了呢？只有初始场是正确的，第二步开始就完全错了。和算例是2D的有关系吗？

[xpqiu]

@CFDngu 2D 也可以renumberMesh，具体是怎么不对，log贴上来看看。不太可能是renumberMesh 导致的，可能是其他原因。

[CFDngu]

好像真是有问题，最下面的。。。。

facesets出问题了吗？

[xpqiu]

@CFDngu renumberMesh运行完以后应该重新提取一下faceSet

[CFDngu]

@xpqiu :expressionless: 不好意思我没用过这个，请问您那里有这方面的资料吗

[bingningmeng45]

你是在哪个超算中心跑的算例？用的是什么规格的机器

[random_ran]

@bingningmeng45

我是在 Université de Sherbrooke 的长毛象2号超算上算的。这篇帖子的一楼最后我详细描述了硬件。

我没有在专门搞CFD的组里搞CFD，机时的分配只有100-CPU年。

[bingningmeng45]

@random_ran 在超算上安装哪个版本的openfoam？是自己安装的么？我现在跑算例要在超算上计算，现在还处在调研阶段，对超算的情况不是很了解。希望你能多给我一些建议

[bingningmeng45]

@random_ran renumberMesh这个命令你用过么？（我看贴上有人用过）用过的话你跑的是什么算例模型，计算效率提高了多少，计算结果准确么？我的算例也是圆柱绕流湍流模型验证 是否可用这个命令？

[赵一铭]

@random_ran
顶长毛象

@bingningmeng45
renumberMesh看你需求吧，锦上添花的东西，不用也可以，用了更好，莫非你并行遇到了瓶颈。

[random_ran]

@赵一铭

哈哈，这下可好了，每次登录长毛象的时候，都会自动脑补这张图了。 :joking:

[bingningmeng45]

@random_ran renumberMesh 这个如何操作运行？直接在终端输入吗

[程迪]

可以试试metis，可能会比scotch要好一些。

[random_ran]

@bingningmeng45

建议你这样做：

cd $FOAM_TUTORIALS 
grep -rnw './' -e "renumberMesh"

然后

emacs ./incompressible/pisoFoam/les/motorBike/motorBike/Allrun

就会发现你想要的东西了。

我的OpenFOAM版本是v4.1。
操作系统是CentOS Linux release 7.3.1611 (Core)。

祝好。

[李东岳]

最近看了看这个renumberMesh，觉得可能有一些更深入的算法在里面，看完之后，个人觉得不必深究了，就类似OpenFOAM中的mpi库一样，除非你专门做mpi的。大体思路就是楼上们说的减少带宽。比如在求解100阶矩阵的时候，现存带宽可能为30，在进行迭代预处理的时候，可能会产生填入操作，但是依然位于带宽之内。renumberMesh或者在计算图形学中的reordering可以通过将矩阵和Adjacency matrix（不知道中文是什么）联系起来，重新排序，减少带宽，降低存储。在大型计算中，可以降低内存存储，大体就是这个意思。renumberMesh中植入的是Cuthill–McKee algorithm，详细了解可google。个人觉得有点偏离CFD，了解了解就好。