CFD中文网

@coolhhh 不是在个人账户下写的，我自己的账户没动过，也能在本地跑。

@coolhhh 谢谢您，我在网上也搜过，但是因为我没有root权限（用别人的东西）所以没办法尝试，心累。

@李东岳 好的，非常感谢！

@李东岳 李老师，谢谢！
之前一直没问题的，可能是最近不知道谁把集群的GCC给升级了，然后链接没做好。
对了，这个是不是需要root权限来修改？我只有本地的权限。

错误如下：

程序编译的时候没有问题，这些库我查了一下也都在的。

现在的情况是：算例在本地能跑，但是提交到节点上就出错，求各位老师指点，谢谢！

@bestucan
pi是角动量，除以转动惯量就是角速度，再乘以时间步长就是角度变化量，用来构建旋转矩阵。

最近，我又看了看相关资料，发现两处比较有意思的地方：
1、6DoF定义的orientation叫做“rotation tensor”，我查过一些资料，好像tensor的旋转和vector的旋转不太一样；
2、这个旋转矩阵应该是按照左手定则来定义的，旋转向量时，pi & R 实际上执行的是R.T()*pi，左乘转置。

上面两处是我个人的理解，不保证对。希望有大神能搞清楚这一块，指导一下，谢谢！（PS：虽然搞不清楚此处旋转为什么这样定义，但不能否认的是6DOF的计算准确性是可以的）

@bestucan 大佬，我借楼问一下，6DOF中的旋转为什么是这样定义的啊？没太看懂

（1）这个旋转看着不像常用的右手定则，像是左手定则？
（2）为什么要按照 0.5Rx-0.5Ry-Rz-0.5Ry-0.5Rx 这种顺序旋转？

求大佬解惑，谢谢！

@liujiayi 在 求助，在使用interdymfoam得到结果以后如何计算得到船舶的纵倾与横摇呢 中说：

@bestucan 在 求助，在使用interdymfoam得到结果以后如何计算得到船舶的纵倾与横摇呢 中说：

你这个句子都不是很通顺啊。。。

orientation大概就是船体的朝向了。想要算纵倾和横摇得确定两个时间点吧。
两个时间点，就有两个orientation。然后就是三维空间中两条线的夹角计算。

我的意思就是在得到了orientation的九个张量以后，如何计算出来船舶的纵倾和横倾， ，我在国外cfd网站上看到了有人用这种方式求出倾角，这么算对吗？求大佬指点。

用四元数转化，quaternion(Q()).eulerAngles(quaternion:XYZ)，大概这样

@李东岳 在 各位老师，请问我是算出棋盘型压强场了吗？ 中说：

知识盲区了老铁。运动大体上没问题就问题不大。不过看起来有一些小bug没处理好，也不能说肯定是压力期盼分布

运动大体上差不多，但是肯定不完全对

各位老师好，我近期在尝试将Ghost fluid method和Overset grid结合起来，模拟浮式结构物的运动。目前的状态是，算例可以算，浮式结构物的运动大体上没问题，但是细节不对。下图是我模拟的结果，请问这个是棋盘型压强场吗？或者有什么相关文献推荐吗？非常感谢！
（GFM的求解器我已经做好了，验证没有问题，我感觉将其与Overset grid结合应该没有什么特别需要注意的地方吧）

@heike256 5万

@李东岳 之前慢的原因是没有插满内存，插满后试了一下，确实是80核左右最快。

结果如下：
128 42.75
80 37.13
64 43.1
32 71.04
16 93.86
8 118.65
4 222.97
2 385.11
1 799.57

@heike256 不是二手，发现原因了，内存槽没插满。。

CPU型号：AMD EPYC 7763 64-Core （双路）
系统：ubuntu18.04
内存：256G ddr4
OpenFOAM版本：OpenFOAM v2006
128 125.5
64 105.71
32 109.28
16 124.35
8 171.75
4 276.83
2 517.43
1 887.79

超线程已关，结果不怎么样，难不成我这个是假7763？请问如何优化？（刚组的机器，没多长时间）

@李东岳 在 VOF方法中如何准确计算自由表面曲率？ 中说：

这个方法在函数calculateK()里面，可直接调用。计算结果在3232网格上能得到光滑的结果，但不对。在6464网格上出现了数值振荡。

VOF结果在网格比较细的时候结果不对？这个结论很有挑战性

李老师，我用interIsoFoam算了一下，还是不对。在32$\times$32的网格上可以得到光滑的结果，但是和解析解不一样；在64$\times$64的网格上结果出现了振荡。interfoam也跑了一下，结果和interisofoam不一样，也不对。。。（这个算例的设置参照和解析解在主贴的参考文献[1]中）

算例在这里，大家有兴趣可以跑一下。要是算例设置有问题也可以指出来。另外，我是在v2006环境下跑的(这个链接可能需要注册坚果云，我没找到其他的上传方法 )
capillaryWave

@李东岳 李老师，我在间断条件中加入了表面张力项$\sigma\kappa$，其中$\kappa$是用calculateK算的，结果确实不对。但这属于GFM方法，和CSF模型不同。明天我用interfoam算一下这个算例，看看结果如何。

各位大神，我在做Ghost Fluid Method时遇到一个棘手的问题：间断条件中自由表面曲率的计算。我选择的验证算例是Capillary wave[1]。

目前尝试了几种方法：
(1) interfoam中使用的是CSF模型，计算曲率采用如下公式：
$\vec{n} = \nabla \alpha / | \nabla \alpha| $ （1）
$\kappa = - \nabla\cdot\vec{n}$ （2）
这个方法在函数calculateK()里面，可直接调用。计算结果在32$\times$32网格上能得到光滑的结果，但不对。在64$\times$64网格上出现了数值振荡。

(2) 尝试的另一种方法是采用isoAdvector，因为这个方法中自由表面法向量$\vec{n}$是根据subcell system计算的，理论上应该更准。最后曲率的计算公式还是上面的公式(2)，但是结果也不对，还是会出现振荡，并且难以做到收敛。

(3) 另外，我注意到有文章讨论VOF方法中的自由表面曲率计算问题[2]。我尝试了基于RDF的方法进行计算(isoAdvector中可采用RDF重构自由表面并计算自由表面法向量[3])，但结果也不理想。

我查了相关文献，发现将表面张力加入间断条件的程序都是采用levelset法捕捉自由表面(例如参考文献[1])，其自由表面曲率可由levetset函数直接计算。但在基于VOF方法中的模型中，很少见到间断条件中包含表面张力和粘性项，都是只有一个压力的间断条件。

因此我想请教一下各位大神，有没有什么在VOF方面中准确计算自由表面曲率的好方法？或者成功的经验？非常感谢！

[1] Haghshenas M, Wilson J A, Kumar R. Algebraic coupled level set-volume of fluid method for surface tension dominant two-phase flows[J]. International Journal of Multiphase Flow, 2017, 90:13-28.
[2] Cummins S J, Francois M M, Kothe D B. Estimating curvature from volume fractions[J]. Computers & Structures, 2005, 83(6/7):425-434.
[3] Hs A, Jr B. Accurate and efficient surface reconstruction from volume fraction data on general meshes[J]. Journal of Computational Physics, 2019, 383:1-23.

@cp_zhao 这个我记得收费吧？不过也谢谢了~

一直用gdb调试程序，但却不会并行调试。最近写的代码单核运行没问题了，但并行运行有问题，应该是不同processor交界面处出现问题。之前对并行这方面涉及不多，对并行编程思想认识不直观，故想尝试并行调试。

我在openWiki上看到一个mpirunDebug文件(文件如下)，但是不会用。求大佬指点一二，或者有什么好用的并行debug工具推荐一下？

#!/bin/sh
#
# Driver script to run mpi jobs with the processes in separate
# windows or to separate log files.
# Requires bash on all processors.


PROGNAME=`basename $0`
PROGDIR=`dirname $0`

if [ `uname -s` = 'Linux' ]; then
   ECHO='echo -e'
else
   ECHO='echo'
fi


printUsage() {
  echo ""
  echo "Usage: $PROGNAME -np <dd> <executable> <args>"
  echo ""
  echo "This will run like mpirun but with each process in an xterm"
}

nProcs=''
exec=''
args=''

while [ "$1" != "" ]; do
    echo "$1"
    case $1 in
      -np)
        nProcs=$2;shift
        ;;
      *)
        if [ ! "$exec" ]; then
            exec=$1
        elif [ ! "$args" ]; then
            args="\"$1\""
        else
            args="$args \"$1\""
        fi
        ;;

    esac
    shift
done

echo "nProcs=$nProcs"
echo "exec=$exec"
echo "args=$args"

if [ ! "$nProcs" ]; then
    printUsage
    exit 1
fi
if [ ! "$args" ]; then
    printUsage
    exit 1
fi
if [ ! "$exec" ]; then
    printUsage
    exit 1
fi

exec=`which $exec`
if [ ! -x "$exec" ]; then
    echo "Cannot find executable $exec or is not executable"
    printUsage
    exit 1
fi



echo "run $args" > $HOME/gdbCommands
echo "where" >> $HOME/gdbCommands
echo "Constructed gdb initialization file $HOME/gdbCommands"

$ECHO "Choose running method: 1)gdb+xterm  2)gdb  3)log  4)xterm+valgrind 5)nemiver: \c"
read method
if [ "$method" -ne 1 -a "$method" -ne 2 -a "$method" -ne 3 -a "$method" -ne 4 -a "$method" -ne 5 ]; then
    printUsage
    exit 1
fi

$ECHO "Run all processes local or distributed? 1)local  2)remote: \c"
read spawn
if [ "$spawn" -ne 1 -a "$spawn" -ne 2 ]; then
    printUsage
    exit 1
fi

# check ~/.$WM_PROJECT/$WM_PROJECT_VERSION/
# check ~/.$WM_PROJECT/
# check <installedProject>/etc/
if [ "$WM_PROJECT" ]; then

   for i in \
      $HOME/.WM_PROJECT/$WM_PROJECT_VERSION \
      $HOME/.WM_PROJECT \
      $WM_PROJECT_DIR/etc \
      ;
   do
      if [ -f "$i/bashrc" ]; then
         sourceFoam="$i/bashrc"
         break
      fi
   done
fi

# Construct test string for remote execution.
# Source OpenFOAM settings if OpenFOAM environment not set.
# attempt to preserve the installation directory 'FOAM_INST_DIR'
if [ "$FOAM_INST_DIR" ]; then
   sourceFoam='[ "$WM_PROJECT" ] || '"FOAM_INST_DIR=$FOAM_INST_DIR . $sourceFoam"
else
   sourceFoam='[ "$WM_PROJECT" ] || '". $sourceFoam"
fi

echo "**sourceFoam:$sourceFoam"

rm -f $HOME/mpirun.schema
touch $HOME/mpirun.schema

proc=0
xpos=0
ypos=0
for ((proc=0; proc<$nProcs; proc++))
do
    procCmdFile="$HOME/processor${proc}.sh"
    procLog="processor${proc}.log"
    geom="-geometry 120x20+$xpos+$ypos"
    node=""

    if [ .$WM_MPLIB = .OPENMPI ]; then
        node="-np 1 "
    elif [ .$WM_MPLIB = .LAM ]; then
        if [ "$spawn" -eq 2 ]; then
            node="c${proc} "
        fi
    fi

    echo "#!/bin/sh" > $procCmdFile
    if [ "$method" -eq 1 ]; then
        echo "$sourceFoam; cd $PWD; gdb -command $HOME/gdbCommands $exec 2>&1 | tee $procLog; read dummy" >> $procCmdFile
        #echo "$sourceFoam; cd $PWD; $exec $args; read dummy" >> $procCmdFile
        echo "${node}xterm -font fixed -title 'processor'$proc $geom -e $procCmdFile" >> $HOME/mpirun.schema
    elif [ "$method" -eq 2 ]; then
        echo "$sourceFoam; cd $PWD; gdb -command $HOME/gdbCommands >& $procLog" >> $procCmdFile
        echo "${node}$procCmdFile" >> $HOME/mpirun.schema
    elif [ "$method" -eq 3 ]; then
        echo "$sourceFoam; cd $PWD; $exec $args >& $procLog" >> $procCmdFile
        echo "${node}$procCmdFile" >> $HOME/mpirun.schema
    elif [ "$method" -eq 4 ]; then
        echo "$sourceFoam; cd $PWD; valgrind $exec $args; read dummy" >> $procCmdFile
        echo "${node}xterm -font fixed -title 'processor'$proc $geom -e $procCmdFile" >> $HOME/mpirun.schema
    elif [ "$method" -eq 5 ]; then
    ## maybe could use nemiver sessions for reloading breakpoints --session=<N> or --last
#         echo "$sourceFoam; cd $PWD; nemiver --last $exec $args; read dummy" >> $procCmdFile
        echo "$sourceFoam; cd $PWD; nemiver $exec $args; read dummy" >> $procCmdFile
#         echo "$sourceFoam; cd $PWD; ddd --args $exec $args; read dummy" >> $procCmdFile
        echo "${node} $procCmdFile" >> $HOME/mpirun.schema
    fi

    chmod +x $procCmdFile

    let column=proc%6
    if [ $proc -ne 0 -a $column -eq 0 ]; then
        ((xpos+=600))
        ((ypos=0))
    else
        ((ypos+=200))
    fi
done

for ((proc=0; proc<$nProcs; proc++))
do
    procLog="processor${proc}.log"
    echo "    tail -f $procLog"
done

$ECHO "Constructed $HOME/mpirun.schema file. Press return to execute.\c"
read dummy
if [ .$WM_MPLIB = .OPENMPI ]; then
    mpirun -app $HOME/mpirun.schema </dev/null
elif [ .$WM_MPLIB = .LAM ]; then
    mpirun $HOME/mpirun.schema </dev/null
fi

@李东岳 好的，谢谢李老师。我发现面上梯度可通过fvc::reconstruct这个函数重构出的体心梯度，我还是得研究一下这个函数。比如刚刚的重力源项，定义在面上的话，我还没掌握怎么把它放回控制方程里面